Обычное утро в Раккун-сити, но под землёй творятся странные вещи. Корпорация Амбрелла собрала новую группу для вскрытия Муравейника, чтобы узнать, что там произошло. И им это удаётся. Но ситуация вышла из-под контроля: на группу нападают зараженные вирусом люди и Лизун (он появился в результате генетических экспериментов на кроликах). После этого корпорация начала эвакуировать из города учёных. Но учёный Чарльз Эшфорд не хотел ехать без дочери. За ней приехали люди Амбреллы. В машину врезается бетономешалка и они не успевают доехать до остальных. Здесь мы видим сцену, как его дочь шевелит пальцами.
Через 13 часов после этого в городе появляются зараженные люди. Сотрудник S.T.A.R.S. Джилл Вэлентайн советует всем бежать из города. Корпорация Амбрелла перекрывает все выходы из города. Выйти из него можно только через мост Ravens Gate. Весь город спешит к мосту. Когда один из горожан превращается в зомби, корпорация понимает, что вирус уже здесь, на мосту, и перекрывает выход. Все горожане возвращаются в город. Раккун-сити заполнился зомби. Кроме того, в городе появляются странные монстры — Лизуны. Эти мутанты нападают на группу выживших людей в церкви, съев двух человек. Помощь приходит от доктора Эшфорда — создателя Т-вируса. Через систему слежения в городе он выходит на группу выживших (Джилл Вэлентайн, Терри Моралес, Пейтон Уэллс), к которой присоединилась Элис. Учёный предлагает спасение взамен поисков его дочери Анжелы, пропавшей в городе при эвакуации. Времени у них одни сутки, поскольку правительство собирается дезинфицировать город при помощи ядерного взрыва. Элис и её друзьям удаётся найти местоположение дочери ученого — среднюю школу. По дороге Немезис (Мэтт) убивает сержанта Пэйтона Уэллса (друга Вэлентайн). Это разделяет выживших. Элис пытается увести мутанта, а остальные продолжают путь. Джилл и Терри подбирают на машине ещё одного выжившего — Ли Джефферсона.
Зайдя в школу, герои разделяются, чтобы найти девочку. Это приводит к смерти журналистки (её съели дети-зомби). Наконец, Вэлентайн удается найти девочку. Анжела рассказывает тайну Т-вируса, реанимирующего мёртвые клетки и производящего мутации в организме. Он призван дать здоровье людям (в том числе самой Анжеле), но корпорация Амбрелла превратили его в биологическое оружие. Пробираясь по коридорам и убегая от собак-мутантов, выжившие находят помощь от двух бывших сотрудников корпорации из спецотряда, но один из них (Николай Жуков) погибает. Перед этим Джилл включает все газовые плиты в столовой и бросает бумажку со спичкой, но спичка тухнет, тут появляется Элис и бросает сигарету в столовую. Миссия выполнена, и группа Элис (с присоединившимся Карлосом Оливерой) с Анжелой добирается до обещанного вертолёта, но попадает в засаду. Элис приходится сражаться с генетически модифицированным Мэттом (проект «Немезис»). Но Элис пробуждает в нём воспоминания, вследствие чего его программа ломается и он становится на сторону выживших, оборачивается против своих хозяев. Мэтт спасает Элис от появившихся вертолётов Амбреллы, уничтожив один из них выстрелом из ракетницы. Корпус взорванного вертолёта падает на Мэтта и убивает его. После боя Элис и её друзьям удается взлететь с крыши на вертолёте (зомби, учуявшие запах плоти, уже идут по крыше, а все солдаты были убиты Немезисом). Элис скидывает на крышу одного из руководителей проекта Элис и Немизида, который заставил её драться с Мэттом. Он пытается перестрелять заражённых из пистолета, но тщетно. Бежать некуда, и он хочет застрелиться, но… кончаются патроны. Тут он получает укус в шею от ожившего трупа ученого, создавшего вирус (отца Анжелы, им же застреленного). Толпа голодных тварей рвёт на части сброшенного с вертолёта. А Элис на вертолёте летит из обречённого города, который уничтожают ракетой с ядерной боеголовкой. Ударная волна от ядерного взрыва сбивает вертолёт. Корпорация Амбрелла запускает в прессу сообщение, будто в Раккун-сити произошла авария на АЭС, «худшая со времён взрыва в Чернобыле», и будто всё видео (журналистка снимала весь этот кошмар на плёнку) является розыгрышем. Правительство США объявляет Вэлентайн с Оливерой в розыск.
После крушения вертолёта было обнаружено тело Элис, которая впоследствии просыпается в лаборатории Амбреллы, она ничего не помнит. Но когда она вспоминала как её зовут, неожиданно к ней возвращается память, и со словами: «Меня зовут Элис, я все вспомнила» (My name is Alice, and I remember everything), она приводит в бесчувствие охрану и сотрудников лаборатории, пробиваясь к выходу. Её сила многократно возросла — теперь она способна убивать взглядом, именно так она убивает охранника через камеру слежения.
На выходе её ждут превосходящие силы противника и машина с друзьями, которые прибыли освободить её под видом сотрудников корпорации. Приходит приказ пропустить её, и Элис уезжает. Руководитель лаборатории с удовлетворением произносит: «Программа „Alice“ активирована», — при этом в зрачках Элис происходит переключение, и опять всё идёт по плану, и Элис теперь находится под контролем корпорации Амбрелла.
Обычное утро в Раккун-сити, но под землёй творятся странные вещи. Корпорация Амбрелла собрала новую группу для вскрытия Муравейника, чтобы узнать, что там произошло. И им это удаётся. Но ситуация вышла из-под контроля: на группу нападают зараженные вирусом люди и Лизун (он появился в результате генетических экспериментов на кроликах). После этого корпорация начала эвакуировать из города учёных. Но учёный Чарльз Эшфорд не хотел ехать без дочери. За ней приехали люди Амбреллы. В машину врезается бетономешалка и они не успевают доехать до остальных. Здесь мы видим сцену, как его дочь шевелит пальцами. Через 13 часов после этого в городе появляются зараженные люди. Сотрудник S.T.A.R.S. Джилл Вэлентайн советует всем бежать из города. Корпорация Амбрелла перекрывает все выходы из города. Выйти из него можно только через мост Ravens Gate. Весь город спешит к мосту. Когда один из горожан превращается в зомби, корпорация понимает, что вирус уже здесь, на мосту, и перекрывает выход. Все горожане возвращаются в город. Раккун-сити заполнился зомби. Кроме того, в городе появляются странные монстры — Лизуны. Эти мутанты нападают на группу выживших людей в церкви, съев двух человек. Помощь приходит от доктора Эшфорда — создателя Т-вируса. Через систему слежения в городе он выходит на группу выживших (Джилл Вэлентайн, Терри Моралес, Пейтон Уэллс), к которой присоединилась Элис. Учёный предлагает спасение взамен поисков его дочери Анжелы, пропавшей в городе при эвакуации. Времени у них одни сутки, поскольку правительство собирается дезинфицировать город при помощи ядерного взрыва. Элис и её друзьям удаётся найти местоположение дочери ученого — среднюю школу. По дороге Немезис (Мэтт) убивает сержанта Пэйтона Уэллса (друга Вэлентайн). Это разделяет выживших. Элис пытается увести мутанта, а остальные продолжают путь. Джилл и Терри подбирают на машине ещё одного выжившего — Ли Джефферсона. Зайдя в школу, герои разделяются, чтобы найти девочку. Это приводит к смерти журналистки (её съели дети-зомби). Наконец, Вэлентайн удается найти девочку. Анжела рассказывает тайну Т-вируса, реанимирующего мёртвые клетки и производящего мутации в организме. Он призван дать здоровье людям (в том числе самой Анжеле), но корпорация Амбрелла превратили его в биологическое оружие. Пробираясь по коридорам и убегая от собак-мутантов, выжившие находят помощь от двух бывших сотрудников корпорации из спецотряда, но один из них (Николай Жуков) погибает. Перед этим Джилл включает все газовые плиты в столовой и бросает бумажку со спичкой, но спичка тухнет, тут появляется Элис и бросает сигарету в столовую. Миссия выполнена, и группа Элис (с присоединившимся Карлосом Оливерой) с Анжелой добирается до обещанного вертолёта, но попадает в засаду. Элис приходится сражаться с генетически модифицированным Мэттом (проект «Немезис»). Но Элис пробуждает в нём воспоминания, вследствие чего его программа ломается и он становится на сторону выживших, оборачивается против своих хозяев. Мэтт спасает Элис от появившихся вертолётов Амбреллы, уничтожив один из них выстрелом из ракетницы. Корпус взорванного вертолёта падает на Мэтта и убивает его. После боя Элис и её друзьям удается взлететь с крыши на вертолёте (зомби, учуявшие запах плоти, уже идут по крыше, а все солдаты были убиты Немезисом). Элис скидывает на крышу одного из руководителей проекта Элис и Немизида, который заставил её драться с Мэттом. Он пытается перестрелять заражённых из пистолета, но тщетно. Бежать некуда, и он хочет застрелиться, но… кончаются патроны. Тут он получает укус в шею от ожившего трупа ученого, создавшего вирус (отца Анжелы, им же застреленного). Толпа голодных тварей рвёт на части сброшенного с вертолёта. А Элис на вертолёте летит из обречённого города, который уничтожают ракетой с ядерной боеголовкой. Ударная волна от ядерного взрыва сбивает вертолёт. Корпорация Амбрелла запускает в прессу сообщение, будто в Раккун-сити произошла авария на АЭС, «худшая со времён взрыва в Чернобыле», и будто всё видео (журналистка снимала весь этот кошмар на плёнку) является розыгрышем. Правительство США объявляет Вэлентайн с Оливерой в розыск. После крушения вертолёта было обнаружено тело Элис, которая впоследствии просыпается в лаборатории Амбреллы, она ничего не помнит. Но когда она вспоминала как её зовут, неожиданно к ней возвращается память, и со словами: «Меня зовут Элис, я все вспомнила» (My name is Alice, and I remember everything), она приводит в бесчувствие охрану и сотрудников лаборатории, пробиваясь к выходу. Её сила многократно возросла — теперь она способна убивать взглядом, именно так она убивает охранника через камеру слежения. На выходе её ждут превосходящие силы противника и машина с друзьями, которые прибыли освободить её под видом сотрудников корпорации. Приходит приказ пропустить её, и Элис уезжает. Руководитель лаборатории с удовлетворением произносит: «Программа „Alice“ активирована», — при этом в зрачках Элис происходит переключение, и опять всё идёт по плану, и Элис теперь находится под контролем корпорации Амбрелла.